Jakubše měl rovněž obavu, že důvodem nedobrých vztahů mezi některými institucemi a Českými aeroliniemi je jeho osoba, což zároveň podstatně zhoršuje postavení společnosti.
Rozhodnutí rezignovat na funkci prezidenta Českých aerolinií oznámil Jakubše ve čtvrtek. Ze společnosti je přitom rozhodnut odejít k 31. srpnu. Nový prezident společnosti bude zvolen na zasedání představenstva Českých aerolinií 20. srpna.
Krátce před konáním letošní valné hromady Českých aerolinií, která se uskutečnila 25. června, se objevily informace o tom, že ministr dopravy Antonín Peltrám hodlá Jakubšeho odvolat. Jakubše označil Peltrámovy důvody za ryze osobní, ten to ovšem ústy svého mluvčího odmítl.
Jakubše tehdy uvedl, že s jeho odvoláním z funkce nesouhlasí dva největší akcionáři, kterými jsou Fond národního a státní peněžní ústav Konsolidační banka (dohromady 90 procent akcií). Ti se však po konzultacích s ministerstvem financí postavili na Peltrámovu stranu.
Jako zástupný problém si ministr pro Jakubšeho odvolání údajně měl zvolit kauzu se zpronevěrou peněz a letenek ČSA obchodním zástupcem firmy v Amsterdamu. "Je to jediná věc, kterou ministr byl schopen najít," uvedl Jakubše. Dodal, že si nemůže vážit lidí, kteří se nechovají jako majitel a nejednají logicky. "Pokud ve vedení ministerstev budou lidé jako je pan Peltrám, tak se tohle hospodářství nikdy nemůže zlepšit," uvedl tehdy doslova.
Jakubše za pětiletého působení v čele ČSA dokázal vymanit společnost ze ztrát: v roce 1997 vykázaly aerolinky zisk 90 miliónů, za loňský rok dokonce 414 miliónů korun při tržbách 11,9 miliardy korun.
