1 Jan Stráský (ODS)
První ministr dopravy samostatné České republiky řídil resort od 30. prosince 1992 do 10. října 1995, poté se stal ministrem zdravotnictví. Loni v listopadu zemřel ve věku nedožitých 79 let.
2 Vladimír Budinský (ODS)
Necelý rok, do 4. července 1996, pak ministerstvo dopravy vedl Stráského stranický kolega Vladimír Budinský. Před nástupem do funkce působil ve správní radě Českých drah, ministerského postu se ujal v době, kdy národní dopravce vyhlásil stávkovou pohotovost.
3 Martin Říman (ODS)
Od 4. července 1996 do 2. ledna 1998 stál v čele resortu dopravy Martin Říman. Funkci zastával do jmenování kabinetu Josefa Tošovského, který nahradil druhou vládu Václava Klause.
4 Petr Moos (nestraník)
Bývalý děkan dopravní fakulty pražského ČVUT byl ministrem dopravy necelých sedm měsíců, ve funkci skončil 22. července 1998.
5 Antonín Peltrám (ČSSD)
Po předčasných parlamentních volbách v roce 1998 sestavila jednobarevnou menšinovou vládu ČSSD pod vedením Miloše Zemana a do křesla ministra dopravy usedl Antonín Peltrám. Resort vedl do 26. dubna 2000, poté se vrátil k pedagogické a výzkumné činnosti.
6 Jaromír Schling (ČSSD)
Do 15. července 2002 byl ministrem dopravy Jaromír Schling. V roce 2009 opustil ČSSD a v několika volbách kandidoval za SPOZ.
7 Milan Šimonovský (KDU-ČSL)
Šimonovský v letech 2002 až 2006 vedl resort dopravy ve vládách Vladimíra Špidly, Stanislava Grosse a Jiřího Paroubka. Podílel se na spuštění elektronického mýta, když v roce 2006 podepsal smlouvu na dodávku systému s firmou Kapsch.
8 Aleš Řebíček (ODS)
Systém elektronického mýtného na dálnicích byl pak zaveden za éry ministra Aleše Řebíčka, který byl ve funkci od 4. září 2006 do 23. ledna 2009.
9 Petr Bendl (ODS)
Při rekonstrukci Topolánkova kabinetu v roce 2009 nahradil Řebíčka bývalý hejtman Středočeského kraje Petr Bendl. Po pádu vlády na jaře 2009 jej nahradil Gustav Slamečka.
10 Gustav Slamečka (navržen ODS)
Historicky první ministr České republiky, který do funkce nastoupil bez českého občanství (Slamečka byl tehdy občanem Slovenska), vedl resort až do jmenování nové vlády Petra Nečase v červenci 2010.
11 Vít Bárta (Věci veřejné)
Od 13. července 2010 do 21.dubna 2011 byl v Nečasově kabinetu ministrem dopravy Vít Bárta. Jeho působení v čele resortu provázely radikální změny, během nichž téměř pětina ministerských úředníků dostala výpověď.
12 Radek Šmerda (nestraník)
Bártu nahradil Radek Šmerda, který však na ministerském postu setrval pouze dva měsíce. 30. června 2011 podal demisi, protože Věci veřejné chtěly, aby ministr byl členem jejich strany.
13 Pavel Dobeš (LIDEM)
Dobeš, původně nominovaný za Věci veřejné, byl členem této strany do dubna 2012, poté se stal jedním ze zakládajících členů nového subjektu LIDEM. Funkci ministra dopravy zasával od 1. července 2011 do 3. prosince 2012.
14 Zbyněk Stanjura (ODS)
Stanjura Dobeše nahradil 12. prosince 2012. Funkci ministra dopravy zastával až do pádu Nečasova kabinetu.
15 Zdeněk Žák (nestraník)
V úřednické vládě Jiřího Rusnoka vedl ministerstvo dopravy bývalý generální inspektor Českých drah Zdeněk Žák. Funkci zastával od 10. července 2013 do 29. ledna 2014.
16 Antonín Prachař (ANO)
Ve vládě Bohuslava Sobotky byl 29. ledna 2014 do funkce ministra dopravy jmenován Antonín Prachař. Své působení v čele resortu ukončil 13. listopadu téhož roku rezignací.
17 Dan Ťok (ANO)
Prachaře 4. prosince 2014 nahradil tehdejší generální ředitel společnosti Skanska Dan Ťok, který se pak stal nejdéle sloužícím ministrem dopravy v historii. Resort opustil na konci loňského dubna.
18 Vladimír Kremlík (ANO)
Od 30. dubna 2019 byl ministrem dopravy Vladimír Kremlík, kterého premiér Babiš v pondělí odvolal kvůli zakázce na informační systém k elektronickým dálničním známkám za 400 milionů Kč.