Členské země EU v roce 2015 zavedly podmínky, jež měly zajistit, aby dotace nezískávali podnikatelé, kteří se zemědělské výrobě nevěnují. Skupiny firem by například pro získání dotace měly prokázat, že aspoň třetina jejich příjmů pochází ze zemědělství. Česko to ale podle komise nekontrolovalo, ani nezjišťovalo, zda žadatelé nepatří do skupiny firem podnikajících v různých oborech. Podle ministerstva ale neexistuje právní úprava, která by takovou kontrolu nařizovala.
Chyby odhalili unijní auditoři loni v září. Sankci chce komise podle Hospodářských novin udělit za roky 2015 až 2017, kdy byl ministrem zemědělství Marian Jurečka (KDU-ČSL). Bývalý ministr Jurečka HN řekl, že legislativa v případech, které Evropská komise Česku vytýká, nebyla jasná.
Podmínka, že dotaci může získat jen podnikatel věnující se aktivně zemědělství, již od letoška neplatí. Podle ministerstva byla zrušena kvůli stížnostem zemědělců na velkou byrokratickou zátěž.
V období mezi lety 2014 a 2020 má Česko možnost získat z evropských fondů na tuzemské zemědělství až 8,2 miliardy eur (přes 210 miliard korun podle aktuálního kurzu).
Nejvyšší kontrolní úřad nedávno ministerstvu zemědělství vytkl, že většinu z miliard korun evropských dotací na rozvoj zemědělství z Programu rozvoje venkova stát rozdává velkým firmám. Podpora malých a středních podniků, kterým měl program pomoci, naproti tomu vázne. Ministerstvo tvrdí, že velké podniky nezvýhodňuje.
Evropská komise již například kvůli pochybením pozastavila Česku dotační program Podnikání a inovace pro konkurenceschopnost o objemu 114 miliard korun. Prověrka totiž na konci loňského roku odhalila podle médií u dotovaných projektů čtrnáctiprocentní chybovost.
