U osmi z patnácti kontrolovaných akcí v tomto programu kontroloři konstatovali, že peníze šly na akce, které měly pro ochranu obyvatel a majetku před povodněmi malý nebo vůbec žádný význam.
Při kontrole u příjemců dotací kontroloři zjistili například nedostatky v přípravě jedné stavební akce, když byly postupně vypuštěny tři z pěti lokalit, v nichž se měla protipovodňová ochrana budovat. Délka ochrany proti povodním se tak zkrátila oproti původnímu plánu o 21 procent, náklady ovšem naopak vzrostly o 12 procent.
Nedostatky podle úřadu provázel i výběr dodavatelů. Příjemci dotací například podle úřadu nestanovili ve výběrových řízeních maximální možnou výši smluvních pokut či maximální délku záruční doby.
Někteří uchazeči pak nabídli neopodstatněně vysoké smluvní pokuty nebo nepřiměřeně dlouhé záruční doby. Proto pak získali zakázky, i když jejich cena byla vyšší než ostatních uchazečů, uvedl NKÚ.
Například při jedné stavbě na Lovosicku podle NKÚ vybraný uchazeč nabídl o 47 milionů korun vyšší cenu než ten, který skončil na druhém místě. Zavázal se totiž k šestinásobně vyšší smluvní pokutě.
Podobně Povodí Odry upřednostnilo uchazeče o stavbu ochranné hráze u akce Odra – Ostrava Hrušov, který nabídl třikrát vyšší pokutu za zpoždění než jeho konkurent, který skončil na druhém místě. Nabídková cena vybraného uchazeče byla o 15 milionů vyšší než u uchazeče s nejnižší nabídkou.
Naproti tomu u akce Úprava Ondřejnice posoudilo Povodí Odry u uchazeče smluvní pokutu za nedodržení termínu dokončení díla jako nepřiměřenou a i když tento uchazeč nabídl nejnižší cenu, skončil třetí. Nabídková cena vybraného uchazeče byla o 6 milionů korun vyšší než u uchazeče s nejnižší nabídkovou cenou.
NKÚ se zaměřil na čerpání peněz v letech 2007 až 2012 v rámci dvou programů prevence před povodněmi. Programu Podpora prevence před povodněmi II, který má stát celkem 11,5 miliardy korun a programu Podpora obnovy, odbahnění a rekonstrukce rybníků a výstavby vodních nádrží za více než 3 miliardy. Kontroloři prověřili i ministerstvo zemědělství, které za programy odpovídá, i příjemce dotací, u nichž zkontrolovali 33 akcí za 2,6 miliardy korun.