Na všech problémech se mimo jiné podepsalo použití zastaralé technologie z tehdejšího Sovětského svazu, která nevyhovovala zpřísněným bezpečnostním kritériím. Kritizován je také investor stavby - státem kontrolovaná elektrárenská společnost ČEZ.
Projekt elektrárny podepsaný v listopadu 1981 a zahájený v roce 1986 počítal s investicí kolem 40 miliard korun. V červenci 1989 to ale bylo již 52 miliard korun.
Po listopadu 1989 nastaly Výrazné změny v odhadech nákladů. Výstavba třetího a čtvrtého bloku elektrárny byla pozastavena a oba rozestavěné bloky si postupně vyžádaly stovky úprav.
V červnu 1992 předpokládalo vedení společnosti ČEZ již náklady 68,1 miliardy korun. Temelínem se na svém mimořádném zasedání před parlamentními volbami také zabývala vláda ČR v čele s premiérem Petrem Pithartem.
Tehdy uvedl Pithart, že potřebná částka se pohybuje v rozmezí 68 až 130 miliard korun. "Není v moci této vlády dobrat se přesnější cifry," konstatoval.
Vláda Václav Klause v roce 1993 s dostavbou souhlasila, přičemž náklady neměly překročit plánovaných 68,1 miliardy korun. Byl také podepsán kontrakt v hodnotě 367 miliónů USD s americkou firmou Westinghouse o dodávce automatizovaného systému řízení technologických procesů a jaderného paliva.¨
V roce 1994 ještě společnost ČEZ ujišťovala veřejnost, že není žádný důvod ke zpochybňování celkových zhruba 69 miliard na výstavbu elektrárny. Zavážení paliva bylo původně plánováno na září 1996, podle smlouvy s dodavatelem Škoda Praha se teoreticky posunulo na září 1997.
Ke konci května 1997 bylo v JETE prostavěno 56 miliard korun a předseda představenstva ČEZ Petr Karas připustil, že celkové náklady jsou sice rozpočítány na 76 miliard korun, ale v důsledku prověřování programového vybavení bezpečnostních systémů by mohly stoupnout maximálně ještě o deset procent.
V dubnu 1998 oznámil tehdejší ministr průmyslu a obchodu Karel Kühnl, že dostavba Temelína bude stát 98,5 miliardy korun. Podobné číslo - 98,6 miliardy - stanovil i dodatek ke smlouvě o spuštění Temelína, který v červnu 1998 podepsaly ČEZ a Škoda Praha.
Podle rozhodnutí vlády Miloše Zemana z května 1999 náklady na dostavbu Temelína nesmějí převýšit stanovených 98,6 miliardy korun a termíny související s dostavbou nebudou moci být prodlouženy.
Pokud by Temelín nebyl dostavěn ve stanoveném termínu, byl ministr průmyslu a obchodu Miroslav Grégr ochoten rezignovat na svou funkci ministra.
