Změny spočívají především ve sloučení úřadů, které zemědělcům rozdělují dotace, dozorových orgánů působících v oblasti kontroly rostlinné produkce a úřadů spravujících dotace.
"Dnes už nemůžeme vystačit s plošnými škrty, které se daly provést v letech 2010 až 2012, kdy šéf každého úseku nebo oddělení dostal za úkol škrtnout třeba desetinu prostředků," uvedl Petr Bendl. Nemá jít přitom o přímou reakci na zhoršující se rozpočtovou situaci Česka, ale o příspěvek ke snížení administrativy, což je jedna z priorit vlády. Transformace nezmění rozsah a kvalitu poskytovaných služeb, slibuje resort.
Transformace organizací není novinkou, začala už v minulých letech. Od roku 2010 do roku 2016 má ušetřit téměř 16 miliard korun. Provozní a správní náklady ministerstva a jemu podřízených organizací se sníží až o 3,2 miliardy korun ročně.
V rámci změn se sloučí kontrolní orgány rostlinné výroby, tedy Státní rostlinolékařská správa a Ústřední kontrolní a zkušební ústav zemědělský. Státní zemědělský intervenční fond (rozděluje evropské dotace) vstřebá Agenturu pro zemědělství a venkov, která má na starost poradenství a kontrolu národních dotací.
Další podstatnou změnou je začlenění Pozemkového fondu České republiky a pracovišť pozemkových úřadů do nového Státního pozemkového úřadu ČR (SPÚ). Státní zemědělská a potravinářská inspekce bude nadále fungovat samostatně.